除了教學，小學普教中亦面對種種問題，「有學校會用一班做試點，但升小二時，如容許插班，或讓普教中學生插班到其他班，學生便會很難適應。」馮校長說。
樂善堂梁黃蕙芳紀念學校，推行普教中六年，校長伍家珍亦指，小學中文老師通過普通話基準的比例不高，也是問題，「近年多了普教中，乃雙非童來港，令普通話語境增強的時勢造成。六年前，坊間完全沒有課程可供參考，我們校本做了很多年，之後叫老師去考基準試，才把課程做好。」小學仍在摸索普教中推行方式，伍校長說，有學校只是純粹把課文改用普通話讀出，「我們則會在初小，先用兩個月教好拼音，才開始普教中，索性將普通話與中文課融合。」