隨著香港於1997年回歸中國，為了配合中國人民解放軍駐香港部隊駐守，昂船洲與其他的軍事基地於1994年進行重新興建。位於昂船洲南岸的海軍基地工程佔地16公頃，總建築面積約35,000平方米，包括辦公樓、宿舍、大會堂及直昇機停機坪等33座不同用途的建築物，其港池面積約400米乘400米，比較舊有港池更為大型。工程於1997年3月完成，耗資11億港元。而位於昂船洲北岸的基地範圍則在回歸前交還香港政府，後來更改興建成為昂船洲政府船塢。同年4月11日，英國軍隊正式撤出昂船洲，標誌著英國於香港以至亞洲最後一座海軍基地關閉。1997年7月1日，隨著香港主權移交中華人民共和國，昂船洲海軍基地由中國人民解放軍接管，成為駐港解放軍海軍基地。